El ambiente revolucionario de la época lo impulsó a las actividades gremiales, llegando a ser directivo del Centro de Estudiantes en 1927 y vicepresidente de la Federación de Estudiantes de Chile (FECH) en 1930. En 1929 ingresó a la masonería y formó parte del grupo socialista Avance. En 1931 fue suspendido de sus estudios por sus actividades políticas y gremiales. Sin embargo, logró aprobar sus asignaturas de sexto año en 1932.
Allende completó su educación médica en mayo de 1933, cuando una comisión formada por los Profesores Vidal Oltra, Luco y Lea Plaza aprobó con Distinción Media su controvertida tesis o memoria para optar al título de médico-cirujano sobre el tema "Higiene mental y delincuencia". Rubricaron su título el Decano, Armando Larraguibel y el Secretario de la Facultad, Eduardo Cruz-Coke. En base a su experiencia de varios años de interno en la Casa de Orates, en la sección reos, Allende profundizó el estudio de las causas de la criminalidad, estudiando con los médicos de la Liga de Higiene Mental los progresos científicos de la época. Las causas de la criminalidad se atribuían a la acción de la herencia innata y su interacción con factores ambientales y sociales. Allende proponía para la prevención de la criminalidad la corrección de factores sociales negativos y la esterilización de los insanos para que no transmitieran sus taras hereditarias a sus descendientes, concepto muy en boga en esa época en Alemania y Estados Unidos7.
Los problemas de la salud mental siempre fueron un tema de preocupación para Allende. En 1952, con ocasión del centenario de la fundación de la Casa de Orates le rindió un homenaje en el Senado. En 1971, dictó una clase inaugural en la cátedra de Psiquiatría del Dr. Armando Roa.

EL PARTIDO SOCIALISTA DE CHILE (1933-1939)